1601 VI 1 - Biskup Maciejowski ogłosił list pasterski do proboszczów.
1601
- W Sukiennicach powstał pasaż przejścia od Siennej do Szewskiej.
- Pomór w Krakowie.
1602 XII 5 - Dominikanie oddali kaplicę Myszkowskim na rodzinne mauzoleum.
1602 XII 20 - Biskup Maciejowski ufundował na wzgórzu wawelskim seminarium duchowne.
1602 - Jan Zemełka ufundował nowe katedry: botaniki lekarskiej i anatomii.
1603 II 4 - Rozpoczął obrady ostatni zwołany do Krakowa sejm zwyczajny, obrady trwały do 5 marca 1603 roku.
1603 III 5 - Zakończył obrady ostatni zwołany do Krakowa sejm zwyczajny, obrady trwały od 4 lutego 1603 roku.
1603 IX 17 - Biskup Maciejowski mianowany został kardynałem.
1603
- W oficynie Jakuba Siebeneychera ukazał się pierwszy przewodnik krakowski Przewodnik albo kościołów krakowskich i rzeczy w nich wiedzenia i widzenia godnych krótkie opisanie, objętość jego wynosiła 81 kart.
- Biskup Maciejowski wydał pierwszy indeks ksiąg zakazanych.
- W Szkołach Prywatnych wprowadzono zgodnie z reformą Akademii organizację czteroklasową: klasy gramatyki, poetyki, dialektyki i retoryki.
- Mikołaj Wolski sprowadził z Włoch kamedułów i osadził ich początkowo w podkrakowskim Bodzowie.
- Reforma Akademii przeprowadzona przez Mikołaja Dobrocieskiego, pełne zwycięstwo scholastyki.
1604 II 22 - Mikołaj z Podhajec Wolski ufundował pod Krakowem (na lesistych wzgórzach unoszących się nad korytem Wisły należących do wsi Bielany) erem kamedułów i oddał im wsie Mników i Mnikówek.
1604 III - Król przyjął Dymitra Samozwańca, podającego się za syna Iwana Groźnego, proszącego o interwencję Polski w zdobyciu tronu moskiewskiego. W wyniku tego polskie wojska zdobywają Moskwę.
1604 IV 7 - Sebastian Lubomirski zapisał na rzecz kamedułów Srebrną Górę i wieś Bielany.
1604
- Pożar Kazimierza.
- Początki klasztoru Augustianek przy dzisiejszej ulicy Skałecznej.
1605 XI 11 - Zjechało poselstwo moskiewskie od Dymitra Samozwańca w związku z jego małżeństwem z Maryną Mniszchówną.
1605 XI 18 - Poselstwo moskiewskie Dymitra Samozwańca zostało przyjęte przez króla.
1605 XI 22 - Biskup Maciejowski w obecności Zygmunta III udzielił per procura ślubu Marynie Mniszchównie z Dymitrem Samozwańcem.
1605 XI 28 - Do Krakowa przybyli karmelici bosi i na przedmieściu za bramą Mikołajską założyli swoją pierwszą siedzibę.
1605 XII 4 - Uroczysty wjazd do Krakowa Konstancji Austriaczki przy pochodniach i pod bramami triumfalnymi.
1605 XII 6 - Odbył się przegląd orszaku, który brał udział w uroczystym wjeździe Konstancji Austriaczki do Krakowa.
1605 XII 11 - Ślub Zygmunta z Konstancją i jej koronacja w katedrze wawelskiej.
1605
- Biskup Maciejowski poświęcił kamień węgielny pod pustelnię (do 1609 roku stanęło dwadzieścia domków zakonnych).
- Katastrofalny wylew Wisły.
- Jan Trevano zaczął wznosić na nowo częściowo rozebrany kościół św. św. Piotra i Pawła, jest to pierwsza barokowa budowla w Krakowie.
1606 X 28 - Poświęcone zostały drewniane budynki klasztoru i kościoła karmelitów bosych.
1606 - Ponowny katastrofalny wylew Wisły.
1607 - Ostatnie poszerzenie Miasta Żydowskiego, obejmujące teren między dzisiejszymi ulicami Józefa, Jakuba, Estery i pl. Nowym (wraz z dworem Jordanów) oraz murem obronnym Kazimierza.
1608 - Uzyskanie przebaczenia królewskiego przez przywódców rokoszu na konwokacji senatorskiej w Krakowie.
1609 V 4 - Nuncjusz papieski Franciszek Simoneta poświęcił miejsce na budowę świątyni w eremie kamedułów na Bielanach.
1609 V 28 - Król Zygmunt III wyjechał na Litwę i do Krakowa już nie powrócił. W ten sposób, bez formalnego aktu, stolica została przeniesiona do Warszawy.
1609 XII 31 - Walerian Montelupi założył szpital bonifratrów przy ulicy św. Jana i przy kościele św. Urszuli.
1610 X 28 - Kasztelan wiślicki Andrzej Tęczyński ofiarował karmelitom bosym swoją posiadłość (w rejonie dzisiejszej ulicy Poselskiej), zwaną "malowanym dworem".
1611
- Przy budującym się kościele św. św. Piotra i Pawła jezuici założyli tzw. Studium domesticum, przeznaczone dla kształcenia własnych nowicjuszy.
- Rozpoczęto budowę kościoła i klasztoru św. Michała (karmelitów bosych).
- Pożar Stradomia.
- Profesor Akademii Walenty Fontana wraz z księdzem Sebastianem Miroszem przystąpili do przebudowy kościoła św. Wojciecha w stylu barokowym.
1612 III 25 - Podczas uroczystego nabożeństwa wygłoszone zostało kazanie, w którym ojcom miasta zarzucono zbyt małą troskę o skarb publiczny.
1612 IV 17 - Aleksander Koniecpolski, z grupą zbrojnych sług, napadł przed świtem na klasztor bernardynek, wysadził bramę petardą i porwał stamtąd dwie panny Dembińskie, jedna z nich była jego narzeczoną.
1612 - Prepozytem Kanoników Regularnych Laterańskich został ksiądz Marcin Kłoczowski; jego staraniem prowadzone są liczne prace budowlane w klasztorze i kościele.
1613 - Został spalony zbór w Aleksandrowicach, zbór przeniesiono do Łuczanowic.
1614 - Mikołaj Sreter wykonał stalle i ambonę w katedrze.
1616 X 17 - Biskupem krakowskim został Marcin Szyszkowski.
1616 - Jezuici ponowili próbę przełamania monopolu Akademii w nauczaniu w Krakowie, ponawiając starania o założenie swojej szkoły, co spotkało się ze sprzeciwem i zapoczątkowało ostrą polemikę.
1617 III 4 - Pierwszy zapis fundacyjny Bartłomieja Nowodworskiego na rzecz tzw. szkół prywatnych, przygotowujących do studiów uniwersyteckich, następny w 1619.
1617 VI 3 - Biskup Szyszkowski odbył ingres do Katedry.
1617 X 25 - Karmelici bosi objęli nowy klasztor z kościołem pod wezwaniem św. Michała i Józefa (przy dzisiejszej ulicy Poselskiej).
1617
- Biskup Szyszkowski ogłosił indeks ksiąg zakazanych, którym objęto literaturę sowizdrzalską (pieśni, fraszki, anegdoty o treści humorystycznej i erotycznej).
- Rektorem wyższej uczelni talmudycznej został kabalista Natan Spira.
1618
- Wespazjan Piotrowski ofiarował posesję przy ulicy Szpitalnej karmelitom trzewiczkowym, na której rozpoczęli budowę kościoła św. Tomasza zakończoną w 1621 roku.
- W oficynie Franciszka Cezarego ukazał się drukiem przekład Piotra Kochanowskiego Jerozolimy wyzwolonej Torquata Tassa (Gofred abo Jeruzalem wyzwolona).
- Wzmiankowana topnia złota cechu krakowskich złotników; znajdowała się w rejonie dzisiejszej posesji przy ul. Meiselsa 17.
1619 I 25 - Biskup Marcin Szyszkowski ufundował kapelę katedralną, złożoną z 30 instrumentalistów i śpiewaków.
1619 - Zasklepiono sprawiającą wiele trudności technicznych kopułę kościoła św. Piotra i Pawła.
1620 - Kupiec i bankier żydowski Wolff Popper (Bocian) ufundował nową synagogę przy ulicy Szerokiej.
1621 V 21 - Król zażądał od Rady, aby miasto utrzymywało własną piechotę "jako na opatrzenie bram miejskich, tak też na pohamowanie wszelakiej swejwoli".
1621 IX 24 - Poświęcono klasztor filialny karmelitów na Piasku, założony przy kościele św. Tomasza.
1621 XI 27 - Odbył się uroczysty wjazd do Krakowa królewicza Władysława po zwycięstwie nad Turkami pod Chocimiem.
1621 XII 3 - W ramach pielgrzymki dziękczynnej po zwycięstwie nad Turkami pod Chocimiem królewicz Władysław odwiedził 7 kościołów.
1621
- Anna z Branickich Lubomirska kupiła Gródek od Gabriela Tarnowskiego.
- Grzegorz Knapiusz wydał w Krakowie (u Cezarego) pierwszy tom słownika polsko - łacińsko - greckiego Thesaurus Polono - Latino - Graecus, który miał wielkie znaczenie w kształtowaniu się norm językowych i ortograficznych w XVII i XVIII wieku.
1622 VII - Jezuici w swym kolegium przy kościele św. św. Piotra i Pawła otworzyli szkołę.
1623 VII 24 - Na ratuszu zjawiła się delegacja pospólstwa, z ławnikiem Stanisławem Hippolithem na czele, z żądaniem wyjaśnienia, czemu należy przypisać obowiązek odprawiania straży na murach i basztach.
1623 VII 27 - Pod naciskiem Rady mieszczanie zezwolili na utrzymywanie 40 pachołków.
1623 VII 31 - Wobec zgromadzonego pospólstwa Mikołaj Pernus z ramienia rady referował potrzebę przedsięwzięcia środków ostrożności spowodowaną groźbą niebezpieczeństwa od powietrza morowego i od Tatarów.
1623 VII - Burmistrz Jerzy Biderman starał się wprowadzić porządki w mieście: wygnał włóczęgów, egzekwował różne obowiązki pospólstwa (pełnienie straży na murach).
1623
- Wybuchła zaraza morowa i głód.
- Zofia Czeska utworzyła fundację, przekształconą w zgromadzenie zakonne Ofiarowania NMP (prezentek). Celem zgromadzenia było nauczanie ubogich dziewcząt.
1624 VI 1 - W ratuszu krakowskim zjawiła się delegacja 25 mieszczan z ławnikami w obronie swego przedstawiciela, starszego ławnika Jakuba Cieniowica, pozwanego o spowodowanie odmówienia przez mieszczan płacenia podatków.
1624 VI 5 - Podczas sporu o sposób płacenia podatków uwięziono na ratuszu kilku mieszczan.
1624 VI 18 - Kancelaria królewska wystosowała surowy mandat, w którym rozkazano wsadzonych mieszczan z więzienia wypuścić.
1624 VI 27 - Na specjalnym posiedzeniu Rada rozpatrywała pismo królewskie uchwalając honoraria na poprowadzenie sprawy przeciw pospólstwu w Warszawie.
1624 VII - Komisja królewska odniosła się pozytywnie do postulatów pospólstwa związanych z płaceniem podatków.
1624
- Prowadzono rozbudowę kościoła Bożego Miłosierdzia na Smoleńsku z fundacji Jana Wróblewskiego.
- Rada Miejska postanowiła nie nadawać praw miejskich innowiercom. Zakaz obowiązywał do roku 1634.
1625 VI 13 - W bójce między studentami Uniwersytetu i szkół jezuickich zginął bakałarz Bartłomiej Przepiórka Ptaszyński.
1625 VI 19 - Urządzono manifestacyjny pogrzeb bakałarzowi Bartłomiejowi Ptaszyńskiemu, zabitemu podczas bójek między studentami Uniwersytetu i szkół jezuickich.
1625 XI 19 - Na Rynku pod pręgierzem spalono skonfiskowany nakład antyjezuickiego druku anonimowego Gratis wydanego przez drukarza Andrzeja Piotrowczyka, a napisanego przez Jana Brożka.
1625 - W Krakowie osiedlają się bracia zakonu Reformatów.