1651 VII 18 - Na Krzemionkach koło Krakowa straceni zostali przywódcy powstania chłopskiego na Podhalu: Stanisław Lętowski został ścięty a Aleksander Kostka Napierski został wbity na pal.
1651 XII - Do Krakowa dotarła ze wschodu wielka epidemia mors nigra, "czarnej śmierci", prawdopodobnie czarnej ospy lub dżumy, która zdziesiątkowała ludność miasta.
1651 - Na Podhalu wybuchło powstanie chłopskie stłumione przez zaciężne oddziały biskupa Piotra Gembickiego.
1652 VI 13 - W związku z panującą epidemią Rada Miejska wydała rozporządzenie w sprawie opieki nad chorymi oraz odizolowania zarażonych i zagrożonych zarazą.
1652 VI 15 - Rada Miejska stwierdziła ogromne nasilenie zarazy w samym Krakowie.
1652 VII 22 - Ulewne deszcze spowodowały wylew Wisły i zatopienie okolicznych pól, zalany został Kazimierz i część Krakowa, wody ustąpiły 24 VII.
1652 VII 24 - Ustąpiły wody z Kazimierza i części Krakowa, powódź trwała od 22 VII.
1652 VII 31 - Według notatki jednego z profesorów Akademii w tym dniu było 400 zgonów spowodowanych epidemią.
1652 - Jesienią zaraza morowa w Krakowie zaczęła wygasać.
1655 VIII 2 - Burmistrz Andrzej Cieniowicz zwołał pospólstwo na ratusz i oznajmił zebranym, że stosownie do uniwersału królewskiego miasto ma wystawić do własnej obrony 100 pieszych żołnierzy i musi na ten cel obmyśleć odpowiednie fundusze.
1655 VIII 4 - W odpowiedzi na apel burmistrza Cieniowicza pospólstwo wyraziło zgodę na użycie pieniędzy pochodzących z pożyczki na zaciąg piechoty i podjęło szereg uchwał w celu przygotowania miasta do obrony.
1655 VIII 7 - Wybrano deputatów do rewizji murów w osobach rajców: Pawła Fryznekiera, Marcina Lochmana, Kaspra Celesty i Jerzego Pipana.
1655 VIII 26 - Rada miejska uchwaliła wydać broń tym wszystkim obywatelom, którzy jej nie posiadali.
1655 VIII 27 - Biskup Gembicki listem pasterskim wezwał lud po miastach, miasteczkach i wsiach "do dochowania wiary królowi Janowi Kazimierzowi, do bronienia kościoła Bożego i świętej wiary katolickiej i zachęcał, aby każdy, co mu wskaże gorliwość i miłość względem ojczyzny, przeciw nieprzyjacielowi czynił".
1655 IX 19 - Do miasta przybył Jan Kazimierz w towarzystwie kilku tysięcy żołnierzy oraz pospolitego ruszenia.
1655 IX 20 - Odbyła się rada senatu, na której król i senatorowie zapewnili się o wytrwałości wobec niebezpieczeństw. Początkowo król polski Jan Kazimierz myślał nawet o pozostaniu w mieście i obronie Krakowa jednak pomysł ten wyperswadowali mu senatorowie.
1655 IX 25 - Nocą Jan Kazimierz opuścił Kraków udając się na Śląsk. Obronę miasta powierzył Stefanowi Czarnieckiemu, który dysponował załogą 3 000 ludzi. Marszałek wielki koronny Jerzy Lubomirski, jako starosta Krakowa wyjął ze skarbca tajne archiwum państwowe i trzy korony: szwedzką, rosyjską i polską i wywiózł insygnia koronacyjne i inne klejnoty Skarbca Koronnego do swego zamku w Lubowli na Spiszu.
1655 IX 26 - Wojska szwedzkie zajęły przedmieścia oraz Kazimierz, spaliły Stradom i rozpoczęły oblężenie Krakowa.
1655 X 2 - Podczas ostrzeliwania miasta zdołano zapalić szczyt wieży Mariackiej, ale obrońcy ugasili pożar w zarodku.
1655 X 13 - Na naradzie wojennej zdecydowano poddać miasto.
1655 X 14 - Ułożono proponowane warunki kapitulacji i rozpoczęto rozmowy z oblegającymi.
1655 X 18 - Nastąpiło ostateczne zatwierdzenie warunków kapitulacji miasta.
1655 X 19 - Nastąpił wymarsz wojsk polskich z Krakowa, po południu król Karol Gustaw wjechał do zdobytego miasta, rozpoczęła się okupacja Krakowa.
1655 X 30 - Król szwedzki Karol Gustaw opuścił Kraków mianując gubernatorem miasta Arwida Wittenberga.
1655
- Ukazało się dzieło Szymona Starowolskiego Monumenta Sarmatorum, zawierajace wiele danych o kościołach w Krakowie.
- Spis podatkowy Kazimierza sporządzony bezpośrednio przed najazdem szwedzkim rejestruje dobry stan zabudowy; przy głównych ulicach i rynku przeważają murowane kamienice.
1656 II 5 - Po wyjeździe Arwida Wittenberga gubernatorem Krakowa został generał Paweł Wirtz.
1656 V 17 - Gubernator Wirtz kazał pod karą na gardle znieść na ratusz wszelki oręż - strzelby, zamki od strzelb, topory, widły i siekiery. Nakazowi towarzyszyły rewizje, "łupanie kamienic, sklepów i piwnic".
1656 V 27 - Gubernator Wirtz zażądał od wszystkich mieszkańców przysięgi wierności i posłuszeństwa, miast zrazu odmówiło, następnie pod wielkimi groźbami i po złagodzeniu jej tekstu wielu złożyło przysięgę.
1656 - Pod Krakowem pojawiły się polskie oddziały partyzanckie.
1656 VI 1 - Szwedzi rozbili partyzanckie oddziały polskie stojące pod Mogiłą.
1656 VI 11 - Profesorowie Akademii odmówili złożenia przysięgi wierności i posłuszeństwa władzom szwedzkim, zdecydowali się opuścić Kraków i rozwiązać Uniwersytet.
1656 VII 31 - Szwedzi rozbili partyzanckie oddziały polskie stojące pod Tyńcem.
1656 IX 13 - Przygotowując obronę miasta Szwedzi spalili przedmieścia: Smoleńsk, Retorykę, Wesołą, Podbrzezie, Błonie, Czrną Wieś, Krowodrzę, Zwierzyniec i Łobzów.
1656 IX 26 - Jerzy Lubomirski rozpoczął oblężenie Krakowa, które trwało do 8 lutego 1657 roku.
1656 XI 18 - W nocy z 18/19 Lubomirski oblegający Kraków przypuścił szturm generalny, jednak bez powodzenia.
1656 XI 22 - Szwedzi używszy pakuł, żywicy i smoły podpalili zwierzyniecki klasztor norbertanek.
1656 - W czasie okupacji szwedzkiej komendant Wirtz zbudował kilka rawelinów i beluard.
1657 II 8 - Jerzy Lubomirski odstąpił od oblężenia Krakowa, które trwało od 26 września 1656 roku.
1657 III 28 - Książę Jerzy Rakoczy, sprzymierzeniec szwedów, wkroczył do Krakowa.
1657 III 30 - Rakoczy opuścił Kraków, jego żołnierzami, którzy wzmocnili szwedzką załogę, dowodził Jan Bethlen.
1657 V 17 - Wirtz zakomunikował Radzie Miejskiej, że Kraków został poddany bezpośrednio księciu siedmiogrodzkiemu, a władzę zwierzchnią będzie sprawował Bethlen.
1657 VI 7 - Na wiadomość o wkroczeniu do Polski sojuszniczych wojsk cesarskich władzę w Krakowie objął ponownie Wirtz i rozpoczął przygotowania do odparcia oblężenia prowadzonego przez połączone siły polskie i austriackie.
1657 VIII 17 - Wojska siedmiogrodzkie podpisały kapitulację.
1657 VIII 18 - Wojska Rakoczego opuściły Kraków.
1657 VIII 24 - Wirtz podpisał kapitulację.
1657 VIII 25 - Wojska szwedzkie opuściły Kraków.
1657 IX 4 - Król Jan Kazimierz wjechał do odzyskanego Krakowa.
1657 IX 5 - Andrzej Trzebicki został przez króla mianowany biskupem krakowskim.
1657 IX 8 - Rektor Akademii Krakowskiej Adam Rosczewicz zarządził ponowne otwarcie uczelni.
1657 X 1 - Kapituła wybrała biskupem krakowskim Andrzeja Trzebickiego.
1657 XI 10 - Uroczyście zainaugurowano nowy rok akademicki.
1658 III 2 - Papież przeniósł Andrzeja Trzebickiego z biskupstwa przemyskiego na biskupstwo krakowskie.
1658 III 20 - W instrukcji przedsejmowej król Jan Kazimierz zwracał uwagę na trudną sytuację Krakowa, który musiał utrzymywać obcą załogę - wojska sprzymierzonego z Polską cesarza austriackiego i prosił o wyszukanie dodatkowych źródeł dochodów.
1658 VII 21 - Biskup krakowski Andrzej Trzebicki otrzymał od króla Jana Kazimierza przywilej na założenie miasteczka zwanego Stanisławów na obszarze wsi Prądnik pod Krakowem.
1658 XI 3 - Uroczysty ingres biskupa Andrzeja Trzebickiego.
1658
- Rejestr kamienic i domów spustoszonych i zniesionych po najeździe szwedzkim jako zniszczone wymienia 51 kamienic i 122 domy drewniane w obrębie murów oraz 24 kamienice i niemal wszystkie domy na przedmieściach, zostały również zniszczone mosty.
- Sejm uchwalił "reparację zamku sumptem Rzeczypospolitej", ale zostało to zrealizowane tylko częściowo.
- Zbudowano młyn królewski, zwany Dolnym, stąd nazwa ulicy Dolnych Młynów.
1659 VII 21 - Król Jan Kazimierz apelował do mieszczan, aby zebrali brakującą województwu kwotę 30 000 złp. dla wojsk cesarskich, co było warunkiem ich odejścia.
1659 X 7 - Z Krakowa wymaszerowała załoga austriacka pod dowództwem Jana Franciszka Kaisersteina, gubernatora miasta.
1659
- Stała straż porządkowa miasta Krakowa liczyła 120 żołnierzy.
- Rektor Akademii Krakowskiej, polecił wykonać dwie nowe pieczęcie uniwersytetu, poprzednie zaginęły podczas wojny ze Szwedami. Do herbu z dwóch bereł dodano koronę.
1660 X 2 - Zarządzeniem rady miejskiej zakazano stawiania jakichkolwiek budynków w miejscach przeznaczonych na fortyfikację miasta.
1660 X 25 - Do Krakowa przybyli król Jan Kazimierz i królowa Ludwika Maria, ze względu na zniszczenia na zamku wawelskim przebywali w pałacu biskupim.
1660 - Do Krakowa przybyli pijarzy, którym na osiedlenie się zezwolił biskup Andrzej Trzebicki.
1661 I 3 - Wychodzi pierwsza polska gazeta periodyczna "Merkuriusz Polski".
1661 I 22 - Król Jan Kazimierz i królowa Ludwika Maria opuścili Kraków.
1661 V 5 - Ukazał się ostatni numer "Merkuriusza" w Krakowie - ukazało się 27 numerów, w tym wydania nadzwyczajne.
1661 IX 25 - Do Krakowa przybył żołnierz spod komendy Świderskiego, marszałka konfederacji zwanej Związkiem Święconym, z żądaniem wypłaty 100 czerwonych złotych "kontenacji". Danu mu na odczepne 20 zł, a równocześnie uchwalono nie wpuszczać do miasta skonfederowanych wojsk.
1661 X 27 - Rada miejska uchwaliła wytoczyć sprawę o oderwanie jurydyk Wesoła, Retoryka i Smoleńsk i usilnie starała się przeciwdziałać zbytniemu rozrostowi ekonomicznemu podmiejskich osiedli.
1661 XI 9 - Wojsko pokwitowało odbiór od Krakowa wypłatę gotówką poważnej kwoty 10 000 złp., 1 000 złp. materiałami jedwabnymi i tyleż winem.
1661 - Sejm uchwalił sumę 28 000 zł na fortyfikację zamku.
1662 I 30 - Sejmik proszowski dał instrukcję swoim posłom, aby sumy wydatkowane przez miasto Kraków na wojsko były mu potrącone z późniejszych podatków.
1662 VII 30 - Król ostrzegał rajców aby nie oddać w ręce konfederatów kasy cła krakowskiego.
1662 - Rozpoczęła się przebudowa kościoła Najświętszego Salwatora na Zwierzyńcu, trwała do 1673 roku.
1663 III - Miasto otrzymało załogę z regimentu generała majora Pawła Cellariego.
1663 VI 15 - Król Jan Kazimierz żądał w piśmie do generała Cellariego by ograniczył żądania opłat od mieszkańców Krakowa.
1663 VII 4 - Cellari zażądał, aby mieszczanie krakowscy żywili swoim kosztem załogę lub dali na jej utrzymanie 2 800 złp.
1663 VII 7 - Rada miejska wpłaciła na utrzymanie załodze generała Cellariego pierwszą ratę w kwocie 1 400 złp.
1664 V 28 - Na kazimierskim rynku ścięto dwóch a wychłostano ośmiu chłopów uczestniczących w próbie wzniecenia rozruchów antyżydowskich i próbie grabieży.
1664
- Powstał portret biskupa Andrzeja Trzebieckiego, jeden z najwybitniejszych portretów okresu baroku w Krakowie, prawdopodobnie dzieło mistrza gdańskiego Daniela Schultza.
- Budowa barokowego klasztoru paulinów na Skałce – jako kontynuacja prac zaczętych w 1636 roku, w latach 1664 - 1668 pracami kierował murator kazimierski Jan Zaor.
- Rozpoczęto budowę kaplicy Wazów na Wawelu.
1666 X 13 - Biskup Andrzej Trzebicki wydał przywilej fundacyjny zezwalający na budowę klasztoru i kościoła Reformatów przy ówczesnej ulicy Rogackiej (dziś ulica Reformacka 4).
1667 III 12 - Król Jan Kazimierz wystawił akt fundacyjny kaplicy Wazów w Katedrze Wawelskiej, której budowę rozpoczęto w 1664 roku.
1667 IX 22 - Na Wawelu pochowano królową Ludwikę Marię.
1667 - Murator kazimierski Jan Zaor kierował rozbudową klasztoru Augustianów.
1668 X 9 - Król Jan Kazimierz przybył do Krakowa po swej abdykacji, zamieszkał w Domu pod Krzysztofory, należącym do Wodzickich. Obejrzał prace prowadzone przy budowie kaplicy rodowej w katedrze. Z Polski wywiózł klejnoty ze skarbca koronnego.
1668
- W kościele Dominikanów wybuchł pożar.
- Mnich tyniecki Stanisław Szczygielski wydał pierwszą monografię historyczną opactwa pod tytułem Tinecia seu historia monasterii Tinecensis.
1669 IX 27 - Uroczysty wjazd nowo obranego króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego.
1669 IX 29 - Prymas Mikołaj Prażmowski dokonał na Wawelu koronacji Michała Wiśniowieckiego na króla Polski.
1669 X 1 - Na zamku zebrał się sejm koronacyjny, który obradował do 12 listopada 1669 roku.
1669 XI 12 - Zakończył obrady sejm koronacyjny, który obradował od 1 października 1669 roku.
1669 XII 4 - Król Wiśniowiecki wyjechał z Krakowa udając się do Częstochowy.
1669 - Snycerz gdański Piotr von den Rennen otrzymał zlecenie na wykonanie srebrnej trumny św. Stanisława. Praca trwała do 1671 roku.
1670
- Powołana została komisja do ufortyfikowania Kleparza i Stradomia.
- Inżynier Krzysztof Mieroszewski na miejscu spalonej świątyni gotyckiej rozpoczął budowę barokowego kościoła Bernardynów, budowa trwała z przerwami do 1680 roku.
1671 III - W domu Pod Krzysztofory przez 10 dni bawił król Michał Wiśniowiecki z żoną Eleonorą. Zniszczony zamek królewski jeszcze nie nadawał się do zamieszkania.
1671 V 16 - Interwencja magistratu krakowskiego spowodowała, że król odwołał przywilej na lokację miasta, Nowego Lubicza.
1671 VIII 10 - Relikwie św. Stanisława złożono w nowej srebrnej trumnie wykonanej w Gdańsku przez złotnika Piotra von der Rennen. Poprzednia trumna, ufundowana przez Zygmunta III, została zniszczona przez Szwedów. Koszt wykonania tego relikwiarza wyniósł 45 000 zł.
1671 - Wylała Wisła.
1672 X 16 - Konsekrowano kościół Reformatów przy ulicy Rogackiej (dziś ulica Reformacka 4), budowa trwała od 1666 roku.
1673 - Zakończyła się przebudowa kościoła Najświętszego Salwatora na Zwierzyńcu, rozpoczęła się w 1662 roku.
1674 XII 6 - Król Jan III Sobieski wyraził zgodę na ograniczenie załogi Krakowa do 100 ludzi, zamiast 200 jak dotychczas, co było za dużym ciężarem dla miasta.
1674 - Stanisław Piotrkowczyk przekazał swój dom wraz z drukarnią jako dar dla Collegium Maius Akademii Krakowskiej; stał się on zaczątkiem drukarni uniwersyteckiej.
1675 VI 10 - Joachim Pacanowski, bankier, został oficjalnie uznany serwitorem Jana III Sobieskiego.