Sprawa przeniesienia stolicy z Krakowa do Warszawy
Skutki pożaru były jednak dużo poważniejsze od samych zmian architektonicznych Wawelu. Król bowiem, na czas remontu, załadował swoją rodzinę na wiślane krypy i spłynął nimi do Warszawy. Było to w 1596 roku. Po wielu latach ktoś wygrzebał tę datę i na cały kraj gruchnęła wiadomość: w roku 1596 stolica kraju została przeniesiona do Warszawy. W 1996 zorganizowano nawet wielką fetę pt. – „400 lecie przeniesienia stolicy z Krakowa do Warszawy”. Zarówno data, jak i wyciągnięty z towarzyszących jej wydarzeń wniosek, stanowią duże kuriozum. Królowie już wcześniej odwiedzali Warszawę. Sam Zygmunt III niedługo potem powrócił do Krakowa i kierował stąd nawą państwową. Mimo to, uparcie powracano do roku 1596, jako momentu przeniesienia do Warszawy stolicy. Cóż, zawsze można z dumą powiedzieć „już w XVI wieku...." . Żeby rzecz całą uwiarygodnić podnoszono także, że już pierwsza wolna elekcja z 1573 odbyła się w Warszawie. W nagłym zapale zapomniano, że elekcje nigdy nie odbywały się w Warszawie, ale pod Warszawą na polach Woli, oraz że wszystkie następujące po nich fakty - intronizacja, koronacja i sejm koronacyjny odbywały się do 1734 w Krakowie. Data 1596, jest tylko jedną z ponad tysiąca dat rocznych w dziejach Polski i niczym więcej. Jeżeli już koniecznie chcemy wyznaczać jakąś datę, to bardziej wytłumaczalny jest rok 1609. W tym bowiem roku Zygmunt III ostatecznie wyjechał z Krakowa i do swej śmierci już tu nie powrócił. Kolejną ważną datą jest rok 1611, kiedy to Zygmunt III po zdobyciu Smoleńska odbył triumfalny wjazd nie do Krakowa, co nakazywała tradycja, ale do Warszawy. Ta data jest jednak także sztuczną cezurą. W 1621 królewicz Władysław wjechał triumfalnie ze swą armią, po zwycięstwie Chocimskim, do Krakowa. W 1649 ostatni w dziejach Hołd Pruski został złożony przed obliczem Jana Kazimierza (1649 - 1668) w Krakowie.
Kiedy przed wyprawą wiedeńską król Jan III Sobieski podpisywał z cesarzem Leopoldem układ sojuszniczy, w traktacie wyraźnie stało, że oba państwa przyjdą sobie z pomocą w przypadku zagrożenia przez turczyna „...Krakowa lub Wiednia...”. Zresztą już dziesięć lat wcześniej po wygranej wojnie z Lechistanem Sułtan odgrażał się, że niedługo spustoszy resztę kraju i nadciągnie z wojskami pod Kraków. Kiedy w 1637, dokonano wyłomu i koronowano pierwszą żonę Władysława IV, Cecylię Renatę w Warszawie, na najbliższym sejmie szlachta stanowczo i wcale nie delikatnie zwróciła władcy uwagę, że koronacje należy przeprowadzać w stolicy (!), po czym król zapewnił, że podobne odstępstwo już się nie powtórzy. Tyle od strony formalnej i prawnej. Od strony faktycznej nie można zaprzeczyć, że w ciągu pierwszej połowy XVII wieku dwór królewski przeniósł się do Warszawy, a wraz z nim przesuwał się na Mazowsze środek ciężkości politycznej państwa. Dla Krakowa zmiana ta była oczywiście wysoce niekorzystna. Pozostały obowiązki reprezentacyjne, a w słabnącym w obliczu wojen i nie reformowanym państwie, miasto nie dostawało odpowiedniej pomocy finansowej.