Represje, łapanki, egzekucje
Eksterminacji poddawana była także ludność polska. Już w 1940 rozpoczęto akcje przymusowych wywózek na roboty do Niemiec oraz pierwsze obławy, łapanki i aresztowania. Największe łapanki miały w Krakowie miejsce 16 i 17 IV 1942 na ulicach Długiej, Śląskiej, Lubelskiej, 19 IV w kawiarni plastyków przy ul. Łobzowskiej oraz 6 VIII 1944, w związku z wybuchem powstania w Warszawie. Równolegle władze Generalnej Guberni wprowadziły w 1942 obyczaj publicznych egzekucji. W czerwcu tego roku powieszono siedmiu mężczyzn na Płaszowie, 26 VII 1943 wojska niemieckie spacyfikowały podkrakowskie wsie - Wolę Justowską, Chełm i Przegorzały, gdzie na tzw. Gliniankach znajduje się miejsce pamięci narodowej, uświęcone krwią zamordowanych Polaków. Ostatnia egzekucja publiczna została dokonana jako akt bezsilnej złości 15 I 1945, w przededniu wyzwolenia, na Dąbiu. Centralą koordynującą działania represyjne władz hitlerowskich była siedziba Generalnego Gubernatora Hansa Franka na Wawelu oraz budynek Gestapo, tzw. „Dom Śląski” przy ul. Pomorskiej, dzisiaj oddział Muzeum Historycznego m. Krakowa.
Jak już wzmiankowano działalność ruchu oporu w Krakowie była słaba. Największą akcję odwetową polskiego podziemia, zresztą nieudaną, zamach na szefa policji Wilhelma Koppego, dokonali żołnierze warszawskiego „Parasola”, 23 IV 1944 roku. Na trwałe natomiast zapisał się w świadomości mieszkańców kardynał książę Adam Sapieha, arcybiskup Krakowa, odważnie broniący miasta przed represjami, dodający otuchy swymi działaniami i postawą. Kres panowania w Krakowie „Tysiącletniej Rzeszy” położyły postępy ofensywy radzieckiej. 18 I 1945 wojska 59 armii radzieckiej pod dowództwem Iwana Korownikowa, dokonały manewru okrążającego miasto, które zostało wyzwolone przy dokonaniu minimalnych zniszczeń.